對特定食物的不良反應（食物過敏）可以歸類為食物不耐受（也就是身體和食物之間不適當的代謝或生化相互作用），或是食物過敏（過敏癥）（也就是免疫介導的不良反應）。在犬和貓身上，食物過敏一般表現為強烈的搔癢性病變或腸胃功能紊亂。
許多基本的食物成分都是潛在的過敏原，但對犬和貓而言，牛奶蛋白質、牛肉、谷物和魚尤其容易引起過敏。一旦懷疑寵物膳食過敏，可以設計飲食搭配來排除過敏原，其中只包含一種或兩種蛋白質源，最好是寵物之前一個月內沒有吃過的。假如喂食過敏原排除飲食后臨床癥狀得到改善，就表示是食物過敏。如果恢復到原來的喂養方案臨床癥狀便復發，就可以確診。
其中部分配方使用雞肉、羊肉、鹿肉、鴨或鯰魚和大米作為唯一的蛋白質源。這些蛋白質源很少會引發犬和貓的食物過敏，并提供了不同的產品選擇，以便為不同的個體提供最佳配方。此外，這些飲食也不含乳糖和小麥面筋。
精選蛋白飲食已成功在全球皮膚轉診診所對犬和貓進行診治，以便對多個食物過敏的案例進行長期治療。英國最近的一項研究發現，寶路犬用精選蛋白飲食（雞肉和米飯）對治療犬的異位性皮炎具有顯著作用，可以減少對緩解臨床癥狀消炎藥的使用。
