蛋白質是由“氨基酸”通過長鏈連接組成的大分子物質。自然界存在著各種各樣的蛋白質，這些蛋白質都由各種氨基酸串成，就像是由不同珠子串成的珍珠。蛋白質的長鏈被酶分解為相應的氨基酸后在小腸中被吸收，起到諸如修復器官和組織、運載分子、在一個器官和另一個器官間傳遞信息、并幫助身體抵抗疾病等作用。
氨基酸是構成動物營養所需蛋白質的基本物質，不同的氨基酸對貓犬的健康有著不同的重要作用，下面羅列了一些常見氨基酸的功能：
| 氨基酸 | 作用 |
| 賴氨酸 | 所有蛋白質合成的重要氨基酸 |
| 蛋氨酸和半胱氨酸 | 毛發蛋白和角蛋白的重要組成部分 |
| 牛磺酸 | 抗氧化，可促進貓犬的視力及心臟的健康 |
| 精氨酸 | 是貓犬生長和產生尿素的重要氨基酸 |
| 苯基丙氨酸和酪氨酸 | 保證甲狀腺和腎上腺的良好運作及毛發色澤 |
| 支鏈氨基酸（BCAA） | 是肌肉蛋白質合成的關鍵氨基酸，荷爾蒙的產生也需要色氨酸的參與 |
表：不同氨基酸在貓犬體內的作用
蛋白質的質量取決于蛋白質本身的消化率及氨基酸組成。食物中有些物質是不能夠被消化和吸收的，其中的營養物質被機體吸收的效率就是消化率。蛋白質由必需和非必需氨基酸組成，其消化率一般在50%到95%不等。只有那些必需氨基酸配比合理、消化率高的蛋白質才算得上是高質量蛋白，如雞蛋、牛奶等。寵物主人在為貓、犬準備日常飲食時，可參考下圖為愛寵選擇高質量蛋白。
圖：“高蛋白質含量”的食物并不等同于高質量蛋白
