首先，我們要知道，邊境牧羊犬和嬰兒一樣，在幼兒期是很多的便便。他們也不會憋，所以才會把家里弄得……
一般邊境牧羊犬吃飯后30分鐘，或喝水后15分鐘左右就會排泄。大家可以在這時候特別注意點。如果發現邊境牧羊犬在地上到處聞，就請高度警惕，他在找地盤上廁所了。
邊境牧羊犬早上睡醒后，一般都會排泄一次(包括尿尿和便便)，所以你可以見邊境牧羊犬醒后，就把他抱到你希望他上廁所的地方，讓他在那里先待一會兒，而且同時還要用特別語調對邊境牧羊犬說“快點”等等的口令。
(一定要堅持做，甚至到他長大了都要常常用這個口令，邊境牧羊犬真的是會聽懂的。他們慢慢就會知道，你的這個口令是在催他上廁所)
邊境牧羊犬排泄次數很多很多，所有大部分人都喜歡讓他們先在紙尿墊或報紙上上廁所。有些邊境牧羊犬會用紙尿墊，但有些就非常討厭這個東東。朋友家的邊境牧羊犬就會把紙尿墊撕得粉碎。所有我最后選用了報紙。
開始時，邊境牧羊犬不知道報紙是讓他排泄用的，所以就用報紙吸上它的尿，然后把吸了尿的這張放在很多張報紙(大約7，8張)的最上邊，先不要丟掉，等下次看到邊境牧羊犬在到處聞時，及時抱起他，把他放在報紙上，他會聞已經干了的那張報紙，你要在旁邊守著，如果他跑出去，就再把他抓回來放在報紙上。
之后你要做的就是，凡但看到邊境牧羊犬要上廁所(到處聞)或正在上廁所(在不正確的地方)，你都要馬上一把抱起他，把他放在報紙上。每天都留一張有他排泄物的報紙放在鋪好的報紙上，一般幾天后，邊境牧羊犬就知道要到報紙上解決了。等他熟悉后，恭喜你，第一步就成功了。你可以每天就放干凈的報紙了，因為邊境牧羊犬知道聞報紙的味道來上廁所了。
下一步比較簡單，你要慢慢縮小報紙的大小(可由兩張報紙大小，變成一個報紙大小，再變成半張報紙大小。并且可以慢慢變動報紙的地方，把報紙慢慢向門口或廁所移動，等邊境牧羊犬習慣在門口或廁所的報紙上上廁所后，你就可以把報紙拿走了，邊境牧羊犬要上廁所時就會到門口或廁所找報紙。
當然你看到邊境牧羊犬要上廁所的舉動后，也可以立刻代他到外邊去上廁所。然后你可以先在一天中選出5個基本固定的時間，帶邊境牧羊犬出去。(最好選邊境牧羊犬吃過飯20到 30分鐘后的時間)，如果在5個時間以外邊境牧羊犬有想上廁所的舉動，你也要帶他出去。這些將是額外的，不在5次之內。等時間久了邊境牧羊犬就會知道那5次是讓他上廁所的了。在外邊要一直用你給他的上廁所口令，直到他完成任務為止。完成后，你最好要摸摸它，并給你語言上的鼓勵和夸獎讓他們知道他們做對了。由于邊境牧羊犬是有生物鐘的，所以最好5個時間比較固定。這樣邊境牧羊犬才會意識到到外邊要先上廁所。
等邊境牧羊犬可以完全利用這5次完成排泄任務，而且不在家里上廁所后，你可以堅持這樣做一陣子，然后可以慢慢把時間從5次變為3次。(一般是，如果邊境牧羊犬還小，你每天要喂他4次的話就帶他出去5次，早上起床后去一次，每餐半小時后再帶他出去，共5次。等邊境牧羊犬適應了到外邊上廁所，并隨年齡的增長，你喂他的次數變成每天3次了，就可以把出去的次數便為3次了，可以是早上起床一次，中餐后半小時一次，然后就是睡覺前一次。
之后你的邊境牧羊犬可能就可以定時到外邊上廁所了!要提醒的是，訓練初期，把邊境牧羊犬帶出去，只給邊境牧羊犬最多5分鐘的時間上廁所，如果5分鐘沒有行動，就把他帶回家，立即關到籠子里，讓邊境牧羊犬知道如果在外邊不上廁所他就沒有機會了，直到下次你帶他出去才有機會。
其中還有些地方大家要注意。在邊境牧羊犬完完全全可以在家里憋著直到你帶他外出才便便之前，請把邊境牧羊犬放到籠子里。但絕不是說讓你把邊境牧羊犬24小時關起來。邊境牧羊犬一般不在自己睡覺的地方上廁所，所以籠子里的空間只留出一個邊境牧羊犬剛好可以轉個身睡覺的大小。如果籠子太大，邊境牧羊犬就會在籠子里的任何地方除了他躺的地方上廁所，養成習慣就麻煩了。建議可以買個邊境牧羊犬成年后可以用的籠子，在邊境牧羊犬小時候，把籠子里塞紙盒等等，只留出個邊境牧羊犬睡覺的地方即可，然后隨邊境牧羊犬成長，逐漸把紙盒拿出。這樣就不用隨邊境牧羊犬成長給邊境牧羊犬買很多個狗籠了。邊境牧羊犬吃過飯后要把邊境牧羊犬關到籠子里去，這樣一來可以防止邊境牧羊犬隨地大小便，二來邊境牧羊犬吃完飯不易劇烈活動，對他們腸胃不好。等飯后半小時后，把它抱出來上廁所。上玩廁所后可以放他出來玩一會。然后再放到籠子里直到下次帶他上廁所。(這種方法適用于報紙期及在外邊上廁所期的訓練)。間中如果想把它放出來和他玩，要注意看他有沒有想上廁所的舉動，如果有立即把它帶到上廁所的地方。
一般來講，邊境牧羊犬做手術后(也就是成熟后)，會比較會忍著(憋著)。邊境牧羊犬的忍耐力都不是很強，所有要用籠子來約束。而且要常帶他們出去。
訓練邊境牧羊犬上廁所需要的循序漸進，不要操之過急，邊境牧羊犬不象貓咪那樣天性的干凈，未滿月的貓咪也知道到固定的地方上廁所。
