云南花兔作為農村養殖的增收項目，最重要的并不是何如飼養，而是如何更好的預防與阻隔疾病，在很多地區，人們飼養兔子的方式是差不多的，所以如果爆發大規模疾病的話，是很難控制疫情的。
一、定期免疫
云南花兔仔兔斷奶時應注射免疫疫苗，每兔１毫升，隔10天后再注射１次兔瘟、巴氏桿菌、魏氏梭菌三聯苗，每兔２毫升。以后每隔４個月注射１次三聯苗。注射疫苗要做好消毒工作，一兔一針，嚴禁混用，以免人為傳染。
二、定期投喂預防
云南花兔預防用藥要有計劃地科學地定期投喂。預防球蟲病的仔兔斷奶后，每兔每天投喂氯苯胍１片，可連喂４５天。預防胃腸炎、腹瀉可在飼料中拌入止痢靈，每天每兔１克，持續使用15～20天。兔飼料中每隔２天拌入喹乙醇，每兔１片，連用15～20天，可預防兔巴氏桿菌病(詳情介紹)，尚可促進生長。另外在夏天每隔10～20天投喂１次敵菌凈。
三、定期消毒
每年開春后，云南花兔兔場內外都要徹底消毒1次，以后每隔10天1次。消毒次數視季節而異，一般秋季半個月1次，冬季每月１次。消毒藥劑可選擇百毒殺、菌毒敵、消毒靈、生石灰、氫氧化鈉、來蘇兒等交替使用。
