選種與選配是黑豚鼠繁育中不可分割的兩個方面，選配是選種的繼續，為育種的重要手段之一。在養豚生產中，優良的種豚并不一定產生優良的后代。因為后代的優劣，不僅決定于其雙親本身的品質，而且還決定于它們的配對是否合宜。因此，要想獲得理想的后代，除了必須作好選種工作外，還必須作好選配工作。選配可分為表型選配、親緣選配和年齡選配。
一、表型選配
表型選配又稱為品質選配，是根據外形性狀或品質選擇與配公、母豚的一種方法。它又可以分為同型選配和異型選配兩種。
(一)同型選配
同型選配就是選擇性狀相同、性能表現一致的公、母豚配種，以期獲得相似的優秀后代。選配雙方愈相似，愈有可能將共同的優秀品質傳給后代，也有可能把個體品質轉化為群體的品質，使優秀個體數量增加。例如，為了提高豚群的生長速度，可選擇生長速度快的公、母豚交配，使它們的后代保持這一優良特性。因此，這種選配方法適用于優秀公、母豚之間，或者在豚群中已有了合乎理想型種豚時使用。
(二)異型選配
異型選配可分為兩種情況，一種是選擇有不同優異性狀的公、母豚交配，以期將兩個性狀結合在一起，從而獲得兼有雙親不同優點的后代。例如，選擇黑豚生長速度快和黑豚體型較大的公、母豚交配，從而使后代生長速度快和體型肥大，最終使后代品質提高。
另一種情況是選擇同一性狀優劣程度不同的公、母豚交配，即所謂以優改劣， 以優良性狀糾正不良性狀。例如在本品種中，有些種豚繁殖性能較好，只是生長速度較慢，即可選擇一只生長速度快的公豚與其相配，使后代不僅繁殖力提高而且生長速度也較快。實踐證明，這是一種可以用來改良許多性狀的行之有效的選配方法。
二、年齡選配
年齡選配，就是根據公、母豚之間的年齡進行選配的一種方法。黑豚的年齡明顯地影響其繁殖性能。一般地說，年輕種豚的繁殖能力較差，隨著年齡的增長繁殖性能逐漸提高，0.9 歲至2 歲繁殖性能逐漸達到高峰，2.5 歲以后逐漸下降。在我國飼養管理條件下，種豚一般使用1～2 歲。所以在養豚生產實踐中，通常主張壯年公豚配壯年母豚，采用這種選配方式效果較好。
三、親緣選配
親緣選配，就是考慮到公、母 之間是否有血緣關系的一種選配方式，如果交配的公、母雙方有親緣關系(在畜牧學上規定7代以內有血緣關系)稱之為親交，沒有血緣關系的稱之為非親交。黑豚近親交配往往帶來不良的影響，如繁殖力下降、后代生活力減低等。但也有認為，近交可使黑豚繁殖力提高。育種過程中，應用近交有利于固定種豚優良性狀，迅速擴大優良種豚群數量。由此可見，近交有有利的一面，也有不利的一面。在生產實踐中，商品豚場和繁殖場不宜采用近交方法，尤其養 專業戶更不宜采用。即使在黑 育種中 用也應加強選擇，及時淘汰因近親交配而產生的不良個體，防止近親衰退。
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