在最早期的牧民繁殖者眼中，并不認為記錄一個犬種的繁殖過程和發展過程是一項非常重要的并具有歷史意義的工作。所以，最早期蘇格蘭牧羊犬繁殖中準確的關于基因的記錄并沒有被保存下來，這也就造成了現在人們對于其起源的說法爭論不休的局面。
瑪格麗特·奧斯伯尼在她的書中提到當今流行的蘇格蘭牧羊犬是在1957年才露面的。并且，當時沒有人知道它們的血統里究竟混合了哪些犬種的基因。起初牧民們選擇當時的“蘇牧”進行工作，是看中了它們的領導能力。后來由于人們不斷教授其“牧羊”的本領，才使它們譽滿整個蘇格蘭高地，最終在蘇格蘭和英國北部開始了其漫長的進化過程。
那么蘇格蘭牧羊犬的血液里到底糅雜了多少個犬種的基因呢?由于早期牧民們將其隨意雜交，有些犬種的基因已經無據可考了。有史可考的是，愛爾蘭雪達犬曾被用來嘗試繁殖出足夠的黑色基因，戈登雪達犬被用來嘗試繁殖出足夠的棕褐色基因，俄羅斯獵狼犬被用來嘗試繁殖增長頭部比例。
最終結果證明，與愛爾蘭雪達犬的雜交繁殖取得了成功。但在早期的繁殖標準中的“雪達紅的毛色是失格的”，但這個標準很快就被繁殖者們所取消。因為他們知道，如果要避免這個顏色的基因，除非把已經成功融合的雪達犬的基因完全剔除。俄羅斯獵狼犬的基因也有所體現，但卻未達到預期的繁殖效果。經過繁殖者們不遺余力的鉆研和幾個世紀的基因沉淀，蘇格蘭牧羊犬的血系逐漸沖淡了其他犬種的因素，擁有了較為穩定的、自主的遺傳基因。但是，由于繁殖技巧問題，有一些不良的因素仍然保留了下來。
到了19世紀，英國第一卷良種犬登記簿上一共記錄了78條蘇格蘭牧羊犬。但是比較簡略，其中只有15只記錄了相關詳細血統，并有3只犬追溯到了上三代的血統。
