哈士奇的眼睛大多是藍色的，當然除此之外也有褐色的，甚至有雙瞳異色的。藍色的眼睛，是西伯利亞偏西北方哈士奇的象征。簡單來說就是在高緯度生活的哈士奇，其眼睛大多數都是藍色，而低緯度生活的哈士奇，則沒有發現這一現象。
目前還不知道哈士奇的藍眼睛，是不是更有利于在高緯度地區生活，不過既然大多數族群都表現出了這一特征，那么就極有可能跟環境有關，正如大多數食肉動物都會進化出環境保護色一樣，為的就是生存。
研究發現，出身于西伯利亞的哈士奇，其藍色眼睛之謎卻并非與毛發有關，而是有著更加復雜的原因，比如基因層面的關系，科學家猜測是某種突變導致了它的眼睛變藍。
從基因研究上看，狗狗的棕色眼睛與藍色眼睛之間的差別，問題就出現在ALX4基因上游的一個變異上面，哈士奇的這項基因突變，最終產生的影響是讓眼睛黑色素合成減少，缺乏色素使得眼睛在反射光線的時候呈現了淡藍色。也就說哈士奇的眼睛之所以呈現藍色，是因為光線的進入以及反射的方式，使我們看起來像藍色而已。
