體內和體外寄生蟲是龜類常患的疾病，其中在野生和進口品種中最為常見。寄生蟲的大量繁殖會引起龜消瘦、貧血，甚至死亡。因此，一旦龜開始進食，就應該考慮寄生蟲的治療。
芬苯噠唑、甲硝噠唑是常用來除去體內寄生蟲的良藥，用量為50mg/kg，把它混入龜最喜愛吃的食物中，并放在干凈無水的地方，以防藥被水沖走，連續喂藥三天，一個星期后再重復用藥。龜類的體外寄生蟲有的長達幾厘米，也有小如螞蟻的，故對剛來的龜要仔細檢查。除去水蛭、螞蟥等體外寄生蟲，可用沾有酒精的棉花棒使它從龜身上脫落，再用漂白粉將它處理掉。
隨龜糞便排出的寄生蟲卵能存活一段時間，故在整個隔離期，須進行３次以上的糞便檢驗和體外寄生蟲檢查，防止再次復發。
