云南閉殼龜外觀看上去很像中華草龜，我國一共有七種閉殼龜，每一種之間都有一些相似的地方，所以鑒別起來有一定的難度，云南閉殼龜是其中很少見的一種，所以人們只能根據僅存的一些云南閉殼龜來研究其外觀。
云南閉殼龜頭頂光滑無鱗。殼長140 mm左右。頭中等，頭背棕橄色，上顎不鉤曲。頭側鼓膜上下從眼前后直達頸部有2條黃色條紋，頦及咽部有黃色云斑。頸角板狹長方形或三角形，后緣較前緣寬。背甲拱起不明顯，具3條縱棱，脊棱強。背甲與腹甲幾等長，以韌帶相連。龜甲能閉合，但腹甲大，前緣圓，后緣凹入，不能完全蓋滿與背甲間的空隙。
云南閉殼龜前后肢扁平狀。前肢5指，后肢4趾，指、趾間全蹼。前肢前緣有橫置寬鱗。四肢上有黃色點或條紋，背角板棕欖色，邊緣及棱上有黃色。腹面角板棕欖色，邊緣黃色，縫間黑色。腹棕色或淺黃橄欖色，邊緣黃白色，鱗縫暗黑色或腹黃橄欖色，在各腹盾上，有淺紅棕色污斑。
