巴西龜雖然相對容易養活，但是也有其不好的地方，它們排泄太快，加上溫度高，剩余的飼料容易腐敗，所以水總是發臭。才換過水兩天，又變成一池渾湯，連巴西龜都幾乎看不見了。
若干實驗試圖以化學物質保持池水澄清，但效果并不理想。用CHlNOSOL(一公克對三十公升水)雖可使水維持一星期澄清、不發臭，但被龜攪動起來的碎屑和腐敗的糞便即使水質更臟。巴西龜長期生活在這種水質中，是否有害大腸菌還沒有定論，而這種有化學藥物的水是否有傷及動物內臟器官也沒有把握，所以最好還是不用化學藥物。
最簡單的辦法是完全換水。喂食后四小時把舊有臟水放掉、抽掉、倒掉。然后以中等硬度的刷子和清水刷洗容器四壁和底面。清洗時先把巴西龜放到一個塑料盆里或池畔的陸地上–當然是跑不掉的地方。注入溫度適宜的清水后再把龜放回水中。
有些種類的沼澤龜或水龜不太能適應完全換清水，但巴西龜不久便能習慣于這種作法和給它帶來的干擾。完全換水仍有一個缺點二會誘使彩龜加速排盡腸中糞便，把剛換過的水又弄臟了，所以最好在換水后不久察看一下養殖箱(池)，把糞便清除。
