鱷魚龜常見的疾病有外傷炎癥、消化不良、感冒、爛板殼病、水霉病等等。而總結原因，這些疾病都是由于環境或者飼養管理不當造成的。要避免這些疾病的最好方法，就是加強對鱷魚龜管理，做好疾病的預防工作，防止鱷魚龜生病。
水霉病是一種水中真菌引發的疾病，也叫水膚霉病。常發生在冬季不見陽光或水質不良的時候，導致水質環境真菌寄生，而是鱷魚龜生病。患病的鱷魚龜在脖子四周和四肢甚至是甲殼上都可以見到白色絲狀的粘物在水中漂動。水霉病對成年鱷魚龜危害不大，但是可能是小龜死亡。如果發現鱷魚龜患有水霉病，首先應該用萬分之一孔雀石綠溶液浸洗病龜15m分鐘左右，同時也可以使用食鹽水浸泡病龜，殺菌消毒。
感冒多發生在初春或初冬氣候多變的時候。此外，飼養管理不當，或者是溫窒內因通風不良而又突然降溫時容易使鱷魚龜感冒。感冒的鱷魚龜呼吸時會發出聲音，鼻孔堵塞，偶爾還會有流眼淚或結痂現象。治療鱷魚龜的感冒癥，可以在飼料中加入病毒靈，按照每500克龜每天喂半片量來喂食。
如果長期給鱷魚龜喂食大量的飼料或者是難以消化吸收的飼料，就會導致龜消化不良。要改善鱷魚龜的消化不良，可以投喂一些鱗、香、軟味飼料引導食欲。給龜服用多酶片溶液，按照每500克龜1片進行喂養。
此外，由于飼養池粗糙而擦傷皮膚，或在運輸中互相抓傷而引起細菌感染發炎。此時可以使用雙氧水對傷口消毒，涂上紅藥水或紫藥水，也可抹上消炎藥膏進行治療。
爛板殼病主要是病菌侵入龜殼內發生糜爛。患病的鱷魚龜背殼或底板最初出現白色斑點，慢慢形成紅色塊狀。當用力壓時，有血水擠出。此時，飼養者可以將患處表皮挑破，擠出血水，用食鹽涂抹之后用清水沖洗干凈，每天1次連用15天，治療效果非常明顯。
