胃腸功能紊亂是常見現象，且可以有多種形式。在大多數情況下，飲食調整可以成為疾病治療的一個重要甚至必要組成部分。特定飲食療法對治療慢性疾病具有特殊價值，而治療腹瀉則要看具體病因而定。
顯然，對不適當的飲食進行矯正有重要意義，但如果涉及其他因素，腹瀉飲食療法的總體目標應該是盡量減少飲食其對胃腸道的刺激。因為未吸收的分子會導致滲透或分泌性腹瀉，營養成分必須以易于吸收的形式提供，從而減少腸道內未被吸收的分子數量。
在供能營養物質中，脂肪的消化和吸收是最復雜的，因此當胃腸道功能不佳時這一環節也是最脆弱的。就犬而言，限制飲食脂肪含量對治療多種形式的急性和慢性腹瀉都是合理的選擇，尤其在胰腺外分泌功能不全（EPI）的情況下更能顯出其優勢。在這種情況下，由于脂肪酶不足，脂肪的消化也會受損；另外，小腸細菌過度生長（SIBO）也可能使狀況復雜化，許多患有胰腺外分泌功能不全的犬都出現了這種情況。低脂肪飲食對初步穩定患有胰腺外分泌功能不全的犬的病情并進行長期治療有積極功效。當與酶替代品結合使用時，低脂肪飲食的嚴格膳食制度能使患胰腺外分泌功能不全的犬所有的臨床癥狀消退。初步穩定期后，酶替代品的需求量隨著時間的推移大幅減少，長期來看能使治療更經濟合算。
犬特發性結腸炎（ICC）是一種炎癥性大腸疾病，被認為是導致犬慢性腹瀉最常見的原因之一。
雖然深層的病理原因目前還不清楚，但飲食對治療病情確能起到重要作用。高度易消化、防過敏的飲食，在初期與柳代磺胺吡啶治療結合使用，可以緩解患有慢性犬特發性結腸炎的犬的癥狀。隨后，藥物治療逐漸減少，大多數情況只通過飲食治療病情就能得到有效控制。
雖然在治療犬特發性結腸炎時有時會提倡高纖維飲食，但與高纖維或低脂肪飲食的犬組進一步比較，則發現如果沒有結合藥物治療的話，這些飲食都不能使同樣的臨床癥狀明顯改善。
經驗證，犬用的精選蛋白飲食也能夠有效治療一些和食物過敏相關的胃腸功能紊亂病癥。在這項研究中，飲食療法對80%患有非過敏性腸道不耐受的犬有臨床效用。盡管有潛在的病變粘膜，出現這些臨床效用可能是因為對較易消化成分的吸收效果有所提升，而不是因為對抗原的排除。
