1.使用充分透氣的籠子
籠子對于室內訓練是必須的。邊境牧羊犬應有一個舒服的休息場所，但卻不應終身被鎖在籠子里。對于邊牧的室內訓練，2周的籠內限制自由，意味著終身可在屋內自由行動。在籠內喂食狗，然后在一個合理的時間內帶邊牧出去排便。之后又把它關回籠子，并給它玩具和毛毯，直到下一次排便時間到來。對于幼狗，這個時間不能超過2小時。成年狗，不能超過4個小時。
邊牧不喜歡在它玩和睡覺的區域排便。籠子應該有足夠的空間讓狗站立和轉身，但不能大到讓它能蹲在邊上排便。一旦邊牧的室內訓練完成，就可以讓籠子的門開著，這將是它放松和休息的好地方。
2.報紙訓練
如果你住公寓不能方便地帶邊牧到戶外排便，那你就需要進行“報紙訓練”。訓練方法，在一個個相對封閉的空間，比如廚房或者衛生間的地上鋪滿報紙，當狗在報紙上排便后，換掉臟的報紙，幾天后，拿走部分報紙，使地面的一部分裸露。如果狗在裸露的地面排便，溫和的糾正它，然后把它放到報紙上，夸獎它。當它有一點在報紙上排便的概念后，逐漸取走越來越多的報紙，直到最后留下一小塊你想讓它排便的地方。
3.外出訓練
盡可能多地帶幼犬外出。小狗需要經常排便。特別是進食后15至20分鐘。當它長大點，這個時間可能會變長。觀察到排便的跡象比如輕聲哀鳴，或者原地轉圈，趕快把邊牧抱到戶外。當它在外面排便完后，立刻對它的行為夸獎，使用你喜歡的詞(最好固定一個詞)。然后再帶它回去前陪它玩一會兒。邊牧小狗就會逐漸明白，在戶外排便能夠贏得夸獎和在戶外玩耍的機會。
