正常情況下，不要隨便幫兔兔做耳朵清理，耳朵是個非常敏感的部位，里面的結構復雜，清理不當，就容易造成發炎，但如果一些特殊情況，像后肢有殘疾行動不便的兔兔，或者耳朵過大通風不好的垂耳兔(詳情介紹)，若需要清理時，我們可以視具體情況來操作。
兔兔的外耳道里含有耵聹腺，會分泌少量保護耳道的耵聹，耵聹與脫落的上皮結合成耳垢，一般兔兔自己就能用后爪清理掉，如果兔兔后爪指甲過長，記得要幫助修剪，以避免傷到皮膚。
把兔兔固定在一個光線充足，高矮合適的桌面上，剛開始先要穩住兔兔，幫兔兔做些清理前的準備工作，像撫摸，按摩，以避免其亂動。最好兩個人操作，一個人穩住兔兔的頭部和身體，一人負責清理 。
準備好清理工具：一次性衛生棉簽（注意檢查一下棉簽上的棉花，要緊緊的纏在木棍上，避免清理時脫落掉入耳內造成耳炎）。
無藥性小兔子洗耳液。干凈的軟毛巾。
清理方法一：
在確定好兔兔不會亂動后，用準備好的衛生棉簽蘸少許洗耳液，由內向外（棉簽不要伸的過于靠里），將耳朵里的耳屎推出即可。
兔兔的外耳道通向耳底這一段有個的彎度，呈ㄑ型，棉簽觸碰不到耳底的鼓膜，但清理時也不要伸的太靠里，以防兔兔忽然亂動時棉簽上的棉花脫落或棉簽折斷，而導致耳朵發炎。
清理方法二
穩固好兔兔的頭部后，將洗耳液順耳邊滴入耳道，這時候兔兔會條件反射的甩頭，要穩固住，以避免其甩，最好兩人操作。之后用手快速將耳朵合起，輕揉耳根（主要是讓洗耳液軟化耳垢）一分鐘，然后放開耳朵，任由兔兔把耳朵里被洗耳液軟化的耳垢甩出，然后用干凈的毛巾將剩余的洗耳液擦干凈即可，一次可清理一個耳朵，隔天在清理另一只。
正常情況下，不用多此一舉來幫兔兔做耳朵清理，如需要清理時，要小心操作。
一般兔兔都比較警覺，清理最好選在兔兔玩耍跑累了的時候來做，清理之前先做些提前準備工作，像按摩，撫摸，輕揉的話語等，待兔兔完全信任放松在來做。
如果自己沒經驗，動手能力差，或者兔兔不配合，也可以帶去寵物店找專業人員幫助清理。另外，清理過后的耳朵，到第二天兔兔都不愿立起來，就有可能清理時傷到了，需要就醫檢查。
另外，如果耳道里的分泌物過多就有可能生病，需要就醫檢查。
