治療犬窩咳需要標本兼治，積極進行消炎及抗病毒療法，減少細菌繼發感染，殺滅病原體。只要治療及時，患犬均可痊愈：
1、抗病毒：口服復方板藍根片2次/天，3片/次，雙黃連注射液2次/天，4mL/次，肌肉注射；或者清開靈注射液2次/天，4mL/次，肌肉注射。
2、抗菌消炎：阿奇泰能注射液（阿莫西林—克拉維酸鉀注射液）5mL/次，1次/天；氨芐西林1g/次，2次/天，卡那霉素25mg/kg，2次/天，地塞米松5mg1次/天，分別肌注，小犬減半；并用無菌生理鹽水6～10mL，加慶大霉素進行吸入性霧化治療。
3、鎮咳：對其中咳嗽特別嚴重的犬使用鎮咳劑和支氣管擴張藥。口服急支糖漿20~30mL/次，2次/日或羧甲司坦（速效化痰片）0.5g/次，2次/日；對于發喘的犬，肌注氨茶堿0.25g/次
