圣伯納犬的根源可以追溯到1000年前,但確切來源還尚未確定。有一些歷史記載寫著,圣伯納犬是由羅馬軍隊帶到瑞士的獒犬雜交出來的。后來,瑞士阿爾卑斯山區圣伯納修道院的僧侶飼養一大批圣伯納犬,用來尋找或守護那些登山的人們。幾個世紀以來,幾千人在阿爾卑斯山走丟或受傷,全靠圣伯納犬強大的嗅覺挽救了他們的生命。
到了19世紀,圣伯納犬由于疾病導致數量逐漸下降,甚至一度滅絕。為了讓狗狗能夠在惡劣的環境生存,僧侶們開始讓圣伯納犬與紐芬蘭犬雜交,并培育出了長毛的圣伯納犬。結果,狗狗的長長的毛發反而被冰凍住了,并且過于笨重,使得狗狗無法在雪地快速行走,因此僧侶們又放棄了那些毛發較長的圣伯納犬。后來,育種專家Heinrich schumacher盡畢生之力,又將圣伯納犬還原成了短毛犬,并將它們送往了世界各地,掀起了一股圣伯納犬熱潮。