純正的薩摩耶犬只有一種顏色，那就是純白色，真正純正的薩摩耶犬是不應該有其他顏色的，也沒有其他顏色的雜毛，它的每一根毛都應該是白色的，部分帶有很淺的淺棕色、奶酪色、淺棕色。此外其他顏色都屬于失格。黑色薩摩耶犬極為罕見。
一般來說，黃色的薩摩耶是因為小時候的衛生問題以及胎里的羊水泡過的原因引起的，小薩摩耶犬有不少在小時候都是看起來毛黃黃的，但是長大了就好了。
薩摩耶擁有雙層被毛，身體上覆蓋一層短、濃密、柔軟、絮狀、緊貼皮膚的底毛，披毛是透過底毛的較粗較長的毛發，披毛直立在身體表面，決不能卷曲。披毛圍繞頸部和肩部形成“圍脖”。毛發的質量關系到能否抵御各種氣候，所以質量比數量要重要。下垂的被毛是不受歡迎的。
