斷尾狗窩咳最好吃止咳退熱抗病毒的藥，斷尾狗窩咳的治療需要標本兼治，治標:要控制咳嗽高熱等癥狀;治本:要提高機體免疫力殺滅病原體。
中藥可以用清熱解毒制劑,如抗病毒口服液、雙黃連、板藍根、蛇膽川貝液、銀翹解毒湯。退熱用柴胡注射液等。對咳嗽癥狀嚴重的犬，可以使用化痰止咳沖劑。
西藥可用廣譜抗病毒藥利巴韋林靜脈滴注。可注射高免血清、犬血球蛋白、干擾素等，以提高斷尾狗的抗病力,促使斷尾狗早日恢復。應用抗生素類藥物防止繼發感染，控制病情，可用頭孢、阿奇霉素等。
由于斷尾狗窩咳往往由多種條件致病菌誘發咽喉炎癥，一般的藥物很難到達這個部位，大多數抗生素不能起到理想的治療效果。有時配合使用一些喉頭噴劑。
