犬窩咳具有極強的傳染性，一旦發現小鹿犬患有犬窩咳，就需要盡快隔離治療，避免交叉感染。可以遵照醫囑讓小鹿犬服用一些抗病毒的藥物，也可以讓小鹿犬輔助服用止咳、化痰的犬窩咳專用獸藥，必要時可以進行超聲波霧化治療。
1、隔離治療
犬窩咳是一種傳染性極強的犬類支氣管炎，因此，一旦確診了患有犬窩咳的小鹿犬，就應該迅速地采取有效的隔離措施，避免交叉感染。在治療犬窩咳的過程中，隔離是一種必要且重要的手段，可以防止傳染，對治療也有一定的好處。
2、抗病毒
犬窩咳是由病毒感染引起的，因此，在確定了小鹿犬患有犬窩咳時，首先應該采取抗病毒的治療方案。例如，魚腥草、病毒唑和轉移因子等等，都可以讓小鹿犬有較為明顯的好轉。
3、止咳化痰
犬窩咳其實就是犬類支氣管炎，因此在治療的過程中應該以止咳、化痰為輔。例如讓小鹿犬服用一些針對犬窩咳癥狀，有止咳作用的獸類專用藥，必要時可以帶小鹿犬去正規寵物醫院進行超聲霧化吸入治療。
