由于犬窩咳是由細菌，病毒感染引起的，因此治療時一方面要治療咳嗽等病癥，另一方面是要殺滅病原體。在犬窩咳初期，可以給小愛爾蘭峽谷梗喝一些抗病毒口服液，如︰雙黃連口服液，蛇膽川貝液等，配合打針地塞米松。
同時需要注意給愛爾蘭峽谷梗做好保暖措施，同時必須給房間消毒。
如果是犬窩咳后期治療則是∶抗病毒，止咳，化痰，防止并發癥，增強愛爾蘭峽谷梗抵抗力。常規的治療方法為︰
抗病毒∶病毒唑、魚腥草、穿琥寧、胸腺肽、轉移因子等等。
止咳、化痰∶用藥物溴已新、糜蛋白酶、氨茶堿、進行超聲霧化吸入。
防感染∶丁氨卡那霉素、頭飽曲松、紅霉素、黃芪多糖等等。
犬窩咳雖然導致愛爾蘭峽谷梗死亡的幾率不高，但是最好早點帶愛爾蘭峽谷梗到寵物醫院接受治療，因為其很容易導致其它的疾病。
