交配時，雄蛇只用兩個半陰莖中的一個蛇交配。雄蛇把其中一個半陰莖，由內向外，經過泄殖腔孔旁側翻出，精子沿著半陰莖表面的淺溝，注入雌蛇的泄殖腔里。有些種類的蛇，精子在雌蛇體內的存活期長達3～4年，仍有受精能力。交配時，公蛇母蛇交纏在一起，狀似麻花卷，不知情的人還以為他們在打架。
雌蛇的交接器就是它的泄殖肛腔，沒有什么特殊的構造，而雄蛇的交接器則是一對袋狀的半陰莖，位于尾基內部，袋的內壁上長了許多小棘，棘的大小、形狀及數量因蛇的種別而有所不同，半陰莖的樣子，也有種的差異。交配時，袋的內面翻出體外，粗看起來像一朵盛開的花。
半陰莖插入雌蛇的泄殖肛腔，進行體內受精，但每次交配只使用一側的半陰莖。在繁殖季節內，一條雄蛇可先后和幾條雌蛇交配，但雌蛇只交配一次。所以，養蛇場里常常讓一條雄蛇配上幾條雌蛇，進行繁殖，例如養殖銀環蛇的蛇園，每十條雌蛇配兩三條雄蛇就夠了、交配后，精子在雌蛇的輸卵管內能夠長期生存。
例如，在杭州浙江醫科大學蛇園，有一對蝮蛇只交配一次，分開后，雌蛇連續生了3年小蛇，第一年產仔7條，第二年產仔10條，第三年產仔14條。有的蛇，交配一次，精子可在雌體內生存5年之久。蝮蛇是卵胎生的蛇，但大多數的蛇是卵生的。蛇一般都是一年生一窩。
