任何偏離標準的現象都將被視為德國牧羊犬的缺憾，缺憾的嚴重程度可以被準確地確認等級。
嚴重缺憾: 偏離牧羊犬繁殖標準，并且影響到牧羊犬的實用性和觀賞性，都被視為牧羊犬的嚴重缺憾。另外，牧羊犬缺少色素沉著、超重、松懈和懶散、定向能力喪失或有缺欠，爪子發育差也將視為有嚴重缺憾。
耳朵的缺憾: 雙耳長在頭蓋骨兩側過低的位置上。耳朵柔軟，耳尖翻卷。
排除缺憾:
1，脆弱的個性和過分的神經質，以及神經性嘶咬。
2，被證明有嚴重的髖關節病癥。
3，單聲的嗥叫、哭嚎，睪丸畸形。
4，尾巴和耳朵畸形。
5，犬有殘損。
6，犬牙不全。
7，犬爪有殘缺。
8，超過或低于德國牧羊犬正常身高標準1厘米。
9，白化病。
10，如果犬的頭部毛發是白色的。(當然假如犬的鼻部和眼部的毛發仍是黑色的，則被認可。)
11，長毛犬。(頭部的毛發軟、長、疏松，特別是耳朵內側和外側的毛發過長;前后腿的后部毛發過長;尾巴下部的毛發過長。
12，完全沒有表皮絨毛的長毛犬，且犬的毛發從背部中間向身體的兩側下垂。
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