選擇種犬時要從品種、體形、毛色、年齡、血統、健康、氣質等方面作出正確的判斷。只有通過擇優汰劣、去粗取精、優勢互補，才能培育出品質優秀的純種薩摩耶。
♦物色健壯的配種犬
任何作交配用的薩摩耶必須無遺傳方面的任何毛病，我們應細察其血統證明書，根查其祖宗三代。薩摩耶犬的有些問題是人為的毛病，比如犬主不懂養犬方法，管理不善，環境不當，便會繁育出一批不健康的問題狗。不健康的狗不宜拿來配種，以免禍延其下一代。犬主日常疏懶，不帶犬散步或運動，很易導致薩摩耶犬四肢細小和脫毛，或毛色差、肥胖等。不適當的訓練與管理，可導致狗兒的骨骼結構不正常，軀體結構不緊湊，不呈方形，不合比例等。有些缺點會遺傳給下一代，有的缺點雖然不會遺傳給下一代，但若是雌犬，則可能對其懷孕有影響。飼養種犬的地方要空氣流通，避冷風。凡作為交配的幾頭雄犬，不宜養在一起。它們進行交配前數小時應先吃一大餐，同時作短跑，作用是松弛其神經，有如先作熱身運動;切勿餓著肚子交配，也不要跑得太遠，以免雄犬過于疲乏。
♦選種要預防情緒遺傳病
薩摩耶犬不但要外形看起來美麗高貴，最重要的還是心理健康和沒有情緒遺傳缺陷與毛病。狗也有“內在美"，不是像人一樣講究氣質與個性，而是注重其情性與心理健全。德國和美國的優生學專家都證明：犬的情緒不穩定同樣可以遺傳，這是因其腦部的細胞組織與結構不健全或有缺陷所致。很多繁殖薩摩耶的愛好者，都沒有足夠的遺傳學知識。現在最大的配種問題，是一些薩摩耶犬的隱性缺陷會遺傳，而其反常的情緒和脾氣也會遺傳，繁育出的后代極為情緒化。
所謂犬的情緒化，其實范圍很廣泛。主要的表現是極為神經緊張，有時甚至引致細胞不正常，或者易發狂，失去自制力。千萬不要飼養有情緒遺傳缺陷的犬只，這既讓你及家人得不到安樂，又讓其繁育出的幼犬品質差而價值低。
