水草造景
花青素的合成是一種十分復雜過程，除非有重要的功能，否則水草是不可能如此勞神費力地來制造的。首先，花青素是目前已知對抗紫外線最有效的抗氧化物質，水草生產花青素可用來對抗紫外線的傷害，這是為什么水草要在它表皮組織合成花青素的主要原因。例如，某些水草的葉色，在含有紫外線的照明燈照射下，可以由綠轉紅，主要原因是花青素大量合成，以及葉綠素部分分解之故。
水草在進行光合作用的過程中，經常會面臨自由基和活性氧的威脅，雖然水草本身也有自已一套對付此種威脅的防衛系統，例如，水草細胞中有一系列酶和酚色素能消除自由基和活性氧，但有時候仍不足以抵擋自由基或活性氧的攻擊。此時，花青素就可立即發揮作用，能對細胞膜和DNA等發揮全面的保護作用。
另外，科學家也發現，有些花青素參與荷爾蒙的合成，以及促進花粉活力等生理功能等。
