鱷龜卵較大，殼厚實，在自然條件下孵化期長達60天-80天，孵化率僅為85%左右，而采用人工孵化設施，孵化期可縮短到42天-48天，孵化率可以達到94%-98%。鱷龜與中國龜對比有生長快、出肉率高、產卵量多等特點。但鱷龜在管理和收集龜卵及孵化技術上有一定的要求。
首先用泡沫箱，箱底鉆上漏水孔，然后鋪上3厘米厚粗沙，再鋪上2厘米厚中沙，最上層鋪上2厘米厚細沙。把龜卵放在第三層細沙上，卵的白點動物極向上，每個卵間距3厘米，然后在卵上蓋上3厘米厚細沙。在把裝有龜卵的孵化箱移入孵化室，空氣濕度最好控制在81%-85%之間，沙子含水量控制在手握成團，松手即散為度；溫度控制在28-31度之間，最佳溫度為30度，每天檢查沙子濕度，如表面沙子發白，說明過干，可用噴水壺向沙子上面噴適量清水。有條件的可采用電子全自動恒溫控溫儀，保溫在29-31度間，可提高孵出率，縮短孵化時間，提高經濟效益。也可因地制宜，利用工廠余熱、煤氣、煤油燈、地熱、沼氣、太陽能等能源進行恒溫孵化。
在鱷魚龜卵孵化期間，主人還應該做好防震措施。龜卵在孵化出來第一個月屬于高度敏感的階段，在動龜卵的時候應小心輕放。不能隨意翻動龜卵，一定要在每一個龜卵上做好標記，上下位置始終統一，不要輕易顛倒。因為此時胚胎尚未完全發育，所以盡量不要挪動，如需挪動，在運送的過程中盡可能的避免顛簸。
每年春秋季節，當水溫22℃以上時，鱷龜就開始交配，從6月到9月是鱷龜產卵盛期，因此要注意收取龜卵。而在鱷魚龜卵孵化期間，養殖者做好相關的孵化準備和工作，以保證鱷魚龜卵孵化可能達到最高。
