柯基犬有白色、金黃色、褐色和黑色等幾種，不應該有其他顏色的毛，否則就不是純種。它背部的顏色都只有可能是一種，如果是花色，即使看起來再好看，也是屬于不符合規格的柯基犬。柯基毛色的標準是因為寵物狗比賽而建立的標準，被威爾士柯基協會認可的只有雙色柯基，和三色柯基。
值得注意的是，柯基身上的黃色部分在小時候都是偏灰的，越長大會變越黃。柯基毛色變化是從出生開始到成年之間的變化。剛出生時毛色很淡，大部分器官都是粉紅色。三周的時候柯基寶寶的鼻線會比剛出生的時候略細一些，但不明顯。三到四周內的這樣一個星期，長的非常快，毛色稍微變深，全身的毛發也逐漸長齊。兩個月的時候，每一只柯基寶寶的顏色基本上定型了，鼻線寬窄也基本定型，不會有天大變化。三個月的時候進入尷尬期，胎毛變稀疏，顏色也會變淡。四個月正式開始換毛期，毛色開始變黃，顏色加深。五個月的時候基本上毛色完全變黃，顏色就基本定型了。七到十個月的時候第二次換毛，嘴邊的黑毛就完全退掉了，毛色就不在會有改變。
