提起查理王小獵犬的基因病，就想起遺傳病：二尖瓣心臟病變，脊髓空洞癥。說到脊髓空洞癥，發病時簡直把查爾士王小獵犬們折磨的痛不欲生。犯病時會痛苦的抽搐脊髓空洞癥病癥為頭蓋骨太小而裝不下大腦，造成神經性損傷，后期任何輕微的頭頸上的接觸，甚至是項圈都會對它們造成巨大的痛苦。早期癥狀表現為幼犬在被接觸頭頸時會退縮。
因為狗狗的枕骨小（位于顱骨后部），導致它的腦脊髓也自由移動，想想都有點可怕。比較通俗一點的說法，就是狗狗的頭蓋骨過小，裝不下它的大腦，就像你穿40碼的鞋子，卻要穿36碼的去參加馬拉松的痛苦。脊髓空洞癥發作時，輕輕觸碰到狗狗的頭時，都會讓它好像把硫酸倒進腦子一樣痛苦。一些騎士查理王小獵犬癥狀比較輕，有些嚴重的每次發作，疼得直接打滾。三分之一以上的騎士查理王小獵犬，都患有這種遺傳病。唯一治愈的方法就是做手術，但風險特別高，一些主人看狗狗如此痛苦，最后也痛心幫它們安樂死。
小型犬患上心臟病的幾率都很高，不少狗狗就是因為心臟病去世，但很多主人以為只是自然老去。近一半的騎士查理王小獵犬，會在5歲后出現心臟雜音，如果主人沒有發現的話，最后就會變成嚴重的心臟病。
