澳洲牧牛犬受傷比生病多。
澳大利亞牧牛犬攜帶一種隱性的花斑等位基因，這種等位基因會使皮毛和皮膚上變白，并與先天性非遺傳性耳聾有關，盡管攜帶花斑色素基因的狗可能存在多基因導致耳聾的原因。在一項研究中，大約2.4%的澳洲牧牛犬被發現兩只耳朵都聾，14.5%的澳洲牧牛犬至少一只耳朵耳聾。
澳大利亞牧牛犬是受漸進性視網膜萎縮影響的犬種之一。它最常見的形式是，漸進性視桿錐體變性(PRCD)，這種情況會導致眼睛視網膜中央的視桿細胞和視錐細胞在晚年惡化，導致失明。PRCD是一種常染色體隱性性狀，狗可以是受影響基因的攜帶者，而不會發展成這種情況。
髖關節發育不良在該品種中并不常見，盡管它經常發生，讓許多繁殖者要對他們的種群進行繁育測試。
澳洲牧牛犬有一些遺傳性疾病，但大多數都不常見。澳大利亞牧牛犬的遺傳性脊髓灰質炎是一種非常罕見的由遺傳生化缺陷引起的疾病。被確診患有這種疾病的狗在出生后一年內就完全癱瘓了。
