澳大利亞牧牛犬的毛色有兩種公認的皮毛顏色,赤色和藍色。巧克力和奶油被認為是不合格的。藍色的狗可以是藍色,藍色斑紋或者有棕黃色的腿部和胸部的藍色斑點,頭部一側或兩側有白色花斑和黑色斑塊或臉。有時在身體上也會出現黑色斑塊。赤色的狗均勻地散布著上純赤色的斑塊·,類似于藍色的狗,在頭的一側或兩側有棕色(赤色)斑塊“臉”,有時也在身體上。
赤色和藍色的狗出生時都是白色的(除了身體或面部的任何純色的花斑),隨著它們的生長發育,赤色或黑色的毛發從大約在4周左右開始出現。獨特的成年色彩是由于黑色或赤色的毛發緊密地散布在以白色為主的皮毛中而形成的。
除了主要顏色外,澳大利亞牧牛犬還顯示出一些純色或接近純色的斑塊。無論赤色和藍色的狗中,最常見的是一只或兩只眼睛上的臉,尾巴上的白色尖端,尾巴底部的純色斑點以及有時在身體上的純色斑點,盡管這些在為了結構展示而繁殖的狗是不可取的。