小狗狗可以喂點阿奇霉素兒童喝的那種或者雙黃連口服液，一天一袋頓服在配點麻杏止咳糖漿《一天三次按小孩的》。常規的治療方法為：抗病毒：病毒唑、魚腥草、穿琥寧、胸腺肽、轉移因子等等。止咳、化痰：用藥物溴已新、糜蛋白酶、氨茶堿、進行超聲霧化吸入。防感染：丁氨卡那霉素、頭飽曲松、紅霉素、黃芪多糖等等。
犬窩咳雖然導致狗狗死亡的幾率不高，但是最好早點帶狗狗到寵物醫院接受治療，因為其很容易導致其它的疾病。由于犬窩咳是由細菌，病毒感染引起的，因此治療時一方面要治療咳嗽等病癥，另一方面是要殺滅病原體。在犬窩咳初期，可以給小狗狗喝一些抗病毒口服液，如：雙黃連口服液，蛇膽川貝液等，配合打針地塞米松。同時需要注意給狗狗做好保暖措施，同時必須給房間消毒。如果是犬窩咳后期治療原則則是：抗病毒，止咳，化痰，防止并發癥，增強狗狗抵抗力。
