在日本繩文時代初期，愛努族人開始從東北地方過渡到北海道地界，而當時隨著愛努族人的“又鬼”組織，來到北海道的“又鬼犬”，就是北海道犬的其中一個源流。進入彌生時代后，一些由渡來人帶入日本的犬只，與當時日本的本土犬只間，開始出現了混血的情況。由于北海道一帶在地理上比較偏遠，因此當地的犬只受影響的幅度亦自然最小，能夠較成功地保持日本古代狗種的血統。
近代以來在1869年，英國動物學者湯馬斯·布拉基斯頓首次將北海道犬命名為“愛努犬”。在1902年發生的日本八甲田山軍隊遭遇雪難事件中，救援隊伍曾動用北海道犬幫助搜索災場中的遇難者。直至1937年，戰前時代的日本文部省正式將北海道犬列為“天然紀念物”之一，北海道犬在這時候才正式被命名為“北海道犬‘’。
