飼養克欽絨鼠最常見的疾病應該就是腹瀉了，而這類疾病又容易引起濕尾癥以及細菌性腸炎，提醒小主要特別注意，若克欽絨鼠一有腹瀉的癥狀，應馬上治療，以防止脫水，低血糖而休克死亡。
病情較輕，可以選擇保守治療，不要給克欽絨鼠吃消炎藥。需要把克欽絨鼠籠放置于陰暗安靜的地方，用葡萄糖水補充體力和水分即可，等情況改善后再恢復正常飲食。
病情嚴重，可用1 水瓶蓋的水兌1滴慶大霉素溶液，然后用小注射器直接往克欽絨鼠的嘴中推一到兩滴，癥狀緩解后，可以考慮每天一滴黃豆大小的純酸奶給克欽絨鼠改善腸胃功能。
脫毛紅腫的問題也常見于克欽絨鼠疾病中，原因常見為寄生蟲、細菌感染、營養性皮膚炎及過敏性皮膚炎。治療方法：保持克欽絨鼠療養環境的清潔干燥通風；最后，每天用寵用的聚維酮碘，按1:50的比例兌水后擦拭脫毛的部位，一天2-3次。
氣溫轉變過大時容易感冒，感冒時會因為抵抗力下降，而造成打噴嚏、流鼻水、流眼淚、食欲不振等癥狀。吃專門的克欽絨鼠感冒藥，但我們很難在克欽絨鼠感冒時，及時買到。其實用板藍根也行，而且常見，去藥店買最普通的板藍根就行了，倒一小勺給克欽絨鼠，因為板藍根味甜，會主動去舔，每日喂2—3次過幾天會好轉的。（PS:買味甜的板藍根）
