小林姬鼠的日常管理是非常關鍵的，一旦發現問題就要及時處理。以下是小林姬鼠常見的疾病和治療方法：
1、腹瀉：喂食的食物不潔，(指霉變腐敗的食物）會導致小林姬鼠產生腹瀉，其癥狀是稀樣糞便不成粒狀，有些異味。主人可以把小林姬鼠單獨隔離，并喂一些土霉素及消炎抗菌的藥，3天左右就會好。
2、傷寒感染：是由于冷熱交替，小林姬鼠受寒所發生的肺部炎癥，大多屬于細菌感染，發病時，輕者只是鼻孔流出清淡的液體，不怎么吃食物。嚴重時，小林姬鼠的眼角眼屎增多，并發出粗重的喘息聲，此時如不及時處理，小林姬鼠10-15天就會死亡，可用青霉素及抗生素喂食。
