高山姬鼠體形略大,一般可以長到105.88mm,體重平均39.34g,尾長平均88.48mm,占頭體長的83.57%。耳小,平均長15.59mm,向前折達不到眼角。高山姬鼠體背及四肢外側呈赭褐色而偏赤,其間雜有黑毛并向背中線密集,致色更深暗,但不形成黑線,毛基深灰。眼周毛色鮮淡,大多數個體構成淡色環。
高山姬鼠耳殼兩面均被短毛,與附近的顏色一致。下體從頦到肛門,包括四肢內側毛白色而帶深灰毛基;體側未見黑毛參雜故色鮮艷。高山姬鼠足背灰白。尾二色,從黑棕漸轉向白色的腹面;尾毛短細而疏,未能遮蓋鱗環。有些個體的尾基及四肢內側背腹交界處有鮮艷橙黃毛區。