水田鼠是可以訓練的，但是水田鼠和貓狗比起來，是比較不容易和主人取得溝通的。所以主人在訓練水田鼠的時候需要有耐心，而且水田鼠的訓練項目有很多，比如最常見的訓練水田鼠學會在便盆里上廁所：
1、將水田鼠籠里的墊材全部換掉，就是不能留有水田鼠原來的氣味，換上全新的墊材。
2、把水田鼠放在鼠籠里，仔細觀察，如果發現水田鼠隨地尿尿的話，就輕輕懲罰，然后再將水田鼠趕到廁所去。 如此幾次后，一般水田鼠都能被訓練成定點尿尿了。以后打掃水田鼠籠的時候，只要重點清理水田鼠廁所就好了，水田鼠籠的墊材不用換的那么勤快，也不用頻繁地大面積更換。
