大斑馬魚感染雌錨頭蟲，可以逐個地把成年的蟲子摘下來，但是這是一個很長的過程，而且對魚有潛在的危害。使用3%的鹽溶液短期浸泡 也可以把蟲子從一條條魚身上除掉。現在有水族箱處理劑能 殺死成蟲。也池塘里，重復使用抗原生動物處理劑能殺死幼蟲。使用敵百蟲也可以殺死成蟲。
大斑馬魚感染黑斑病，新型抗寄生蟲處理劑能殺死寄生蟲，但是黑斑點一旦形成，就會留下痕跡。 最有效的預防措施就是打破寄生蟲的生長周期 ，通過確保水鳥不靠近池塘或水族箱，并且沒有被寄生蟲寄生的螺出現的方法。
大斑馬魚感染真菌病，在水族箱里，通過檢驗水是否處于良好狀況，水是否處于適合的溫度，并且水是否不太偏堿性（淡水水族箱最好是PH7.2），可以預防可能發生的傳染。很多處理劑被推薦使用，但是其中有些有嚴重的不利因素。鹽水浴是淡水魚類疾病傳統的治療方法，但是會引起不適當的刺激，需要經常變換方法，而且單獨使用不是特別有效。亞甲基藍對輕微的病例有效，但是規定的用量會使水染上顏色，給持續檢查病情的發展造成困難。可以把也孔雀綠涂在感染的區域上。有幾種新型專用處理劑，這些處理劑通常對抗真菌有效。
