木瓜魚的疾病有很多，用的藥也不一樣，常用的殺菌藥主要是黃粉、土霉素、慶大霉素等等。通常在患病初期，不需要下藥治療，而是先給魚兒換水，保持水質的干凈衛生，有助于它的康復。其次要適當升溫，提高魚兒的抵抗力。并往水中適當下鹽，濃度控制在千分之三到千分之五。
只有根據木瓜魚的病情用的藥才會起到藥到病除的作用，切忌盲目投放。用藥之前一定要首先確定魚病的種類，癥狀，了解藥物的性質和如何使用有哪些副作用，治病原理這些因素。還有就是不能使用違禁藥物，如氯霉素、氟哌酸、呋喃唑酮、五氯酚鈉、孔雀石綠等。最后就是，不要使用木瓜魚過敏的藥物。
