金邊透紅小丑魚產卵之后，雄魚會緊跟著放出精子，交替至產卵結束。受精的卵，外膜透明，卵黃呈橘色。在金邊透紅小丑魚卵孵化過程中，小丑夫婦會交互以口吹或者是通過胸鰭、尾鰭來出去卵上的臟東西，使得魚卵充分接觸氧氣，雄魚一般在后期都會更加勤快。
大約10天左右，就可以清楚的看到卵囊內的眼睛，10—14天即可孵出。金邊透紅小丑魚孵出后非常脆弱，有強烈的避光性，因此需要離開它的爸爸媽媽，避開水流，但是堅持規律換水，pH及溫度要穩定。孵化出的金邊透紅小丑魚，可以喂食輪蟲加VG喂食，每日1次。5天后可以喂食輪蟲加剛孵化出的年蝦即可，一天喂食2次。15天后，可以單喂豐年蝦，一個月后，就可以喂食少量的蛤蜊肉喂食。
