大彈涂魚能繁殖。大彈涂魚雌雄異體,一年性成熟,產卵室內產卵受精。在繁殖季節(福建省4?9月,盛期為5?7月),雄魚在灘涂上反復跳躍,做求愛活動,雌雄親魚自由配對進入洞穴,在洞穴的產卵室內產卵受精。產卵日期是從小潮到臨近大潮,即每逢農歷初八至十三和廿三至廿八。受精卵為沉性黏著性卵,黏著在產卵室的頂部和周壁,歷經4?7天孵出仔魚。
大彈涂魚仔魚孵化后2?3日齡出洞。體長10厘米左右的成熟雌魚懷卵量12000?15000粒。成熟的雌雄魚腹部外觀上差別不大,要仔細觀察其生殖孔才能加以區別。生殖孔紅腫且大而圓者為雌性,狹小延長呈尖狀者為雄性。在同一類群中,大彈涂魚體長越長,懷卵量越多,而體重與懷卵量沒有明顯的相關性。