對于斑點短鯛來說，比較容易患細菌性魚鰓病和真菌性魚鰓病。通常不良的環境常是造成斑點短鯛生病的主要原因，所以在飼養斑點短鯛的時候一定要注意飼養環境的清潔問題，同時注意食物的合理的搭配，這樣才有可能讓斑點短鯛健康的成長。畢竟在治療過程中，不當的藥量也可能對斑點短鯛本身造成傷害或不良影響。如果發現斑點短鯛生病了，就必須施以治療，否則有可能病情會更嚴重。
1、細菌性魚鰓病。平常要仔細地觀察斑點短鯛的狀態，當發現魚鰓掀動情況不規則，與平常不一樣時，就可以懷疑魚是細菌性魚鰓病。此時測量水質，通常都會發現水中的亞硝酸鹽或硝酸鹽的濃度太高。可用調整水質的新水進行2/3的換水，以及使用parasan D進行藥水浴，也會有治療效果。
2、真菌性魚鰓病。其病因大多是因為新購買進來的魚只是帶菌者或者是所喂的活餌或水草上附著了病菌。所以，當斑點短鯛出現一點征兆時，就應立即予以隔離，不然還會還會傳染給其他的魚。可用Green F gold定量和粗鹽投入水中，在照明陰暗的狀態下較有效果，如果房間光線很亮時，可用報紙貼于水族箱外以遮蔽過亮的光線。
