剛果扯旗魚產卵時,要先將成剛果扯旗魚按雌雄1:1的比例放入一起,不久,雄剛果扯旗魚就會不停地追逐雌剛果扯旗魚,就這樣在追逐中,雌剛果扯旗魚開始產卵,雄剛果扯旗魚同時授精,產卵數量大致在200-350左右。受精卵呈咖啡色,略帶粘性,會沉入水底,附著于莫絲草或棕絲上,整個產卵過程需要數小時完成,結束后將成剛果扯旗魚撈出,以防吞噬魚卵。
另外,繁殖剛果扯旗魚也要注意環境的布置,先在繁殖缸底部鋪設濃密的莫絲草或經過高溫消毒過的棕絲。剛果扯旗魚產卵時水族箱一般使用30-45厘米長的水族箱,調配好弱酸性繁殖用水,水溫調整到高于飼養水溫1-2℃,最好不要使用照明設備。