1、腐皮病
癥狀：一開始的時候，病發生的時候出現皮膚旁邊發炎，然后鱗片會脫落，嚴重的時候還會造成潰瘍以及骨骼的露出，這是鳳尾短鯛面臨的一種比較嚴重的疾病。
治療：用漂白粉進行藥浴，差不多每天藥浴15到30分鐘，還要保證用1%吠喃西林或利凡諾涂抹鳳尾短鯛魚體病灶部位，再用20ml的吠喃哇酮溶液藥浴魚體。當水溫在20℃ 以下時，藥浴 20~30分鐘；21~32℃ 時，藥 浴 10~15分鐘；用2.0~2.5mg/L紅霉素水溶液藥浴病魚30~40分鐘。這就是鳳尾短鯛如果患上腐皮病的治療方法。
2、水霉病
癥狀：水霉病一開始發生的時候，什么也看不出來，但是這個時候鳳尾短鯛已經能感受出來了，因為魚體身上要長一些有棉絲狀的菌絲，這些菌絲隨著時間的增長而變得更加厚而密，非常明顯，然后魚體也會因為負擔變得重而游動困難，一旦鳳尾短鯛的行動遲緩了，就不能有足夠的進食，進而導致鳳尾短鯛的死亡。
預防：做好魚缸的環境，然后不要讓鳳尾短鯛發生這種病
治療：一旦發生了這種病，可以用藥物來治療，比較說殺菌劑以及食鹽水，或者用高錳酸鉀來浸泡在，這樣能保證鳳尾短鯛的健康生長。
