巨頭蛇頸龜怎么分雌雄，公烏龜尾部較粗壯，雌性尾巴超不過龜甲邊緣。公烏龜相對比較活潑好動，雌烏龜相對比較安靜。巨頭蛇頸龜的繁殖季節并沒有被廣泛觀測到，但一般認為它們會在春季的河邊產卵。其卵大約為34x22毫米 ，白色、易碎。自冬眠中醒來后立即開始尋找配偶。
它們的求偶和交尾的儀式有些與眾不同。雄龜會逼近雌龜，并再三地圍著它繞圈子，然后停下來臉朝著它的正面。它會伸長脖子，直勾勾地盯著它的臉，并快速地將頭部拉上拉下。在這個過程中，偶然會出現雄龜咬嚙和撞擊雌龜的現象。在交尾的過程中還伴隨著一系列高亢的“咯咯”聲和“吱吱”聲。
