巨頭蛇頸龜可以深水養,但是,在它們不同的生長階段中,它們對水位的要求是不同的。若是在它們年齡比較小的時候,它們不喜歡太高的水位,用淺水養比較合適,讓水位稍微沒過它們的背殼就行了,在深水中養殖不利于它們的健康。或者也可以在容器中用沙礫著鋪成斜坡,這樣可以讓它們自由選擇。在它們長大一些之后,就可以用深水來養了,巨頭蛇頸龜也算是一種深水龜。一般來說,在它們的身體長度長到十幾厘米的時候,就都可以用深水來養了。
不過,雖說可以用深水養,但水位也不能太高,高于它們的背殼一部分是可以的,但不可超過它們的背殼3倍高度的位置。這是因為巨頭蛇頸龜不能一直待在水中,也需要適當讓它們出水來曬曬太陽等等,因此若是水太深的話,它們浮到水面就比較麻煩。