巨頭蛇頸龜腐皮是比較常見的病癥。一般是水質不達標引起的。外用液體藥物治療：可用碘伏、聚維酮碘、雙氧水、碘酊、紫藥水。使用碘伏、聚維酮碘可稀釋后浸泡治療30分鐘后干養。碘酊、雙氧水、紫藥水效果較好，但要防止誤入眼部，造成巨頭蛇頸龜的不適。一般輕微的腐皮，涂抹消毒，干養30分鐘，連續3-4天，就可以自己慢慢愈合。
外用藥膏類治療：可用金霉素眼膏、紅霉素眼膏、紅霉素軟膏、無極膏、硫軟膏、阿昔洛韋乳膏、達克寧、百多邦等。從實用角度出發一般情況下無需用到達克寧、百多邦等太貴的藥物。用法：1天涂抹1~2次后，大部分時間干養，半小時至一小時的時間泡水并完成喂食。干養的時候切忌不要時間過長，導致巨頭蛇頸龜脫水。一般10天內可以治愈。
以上所列藥膏，以硫軟膏效果尤為突出，首選使用硫軟膏治療。
