無論是野生的還是人工飼養的密西西比麝香龜，都可能會進入冬眠的狀態。密西西比麝香龜雖然會冬眠，不過它們自然冬眠的時間是比較短的，大概只有2周或者3周，一般來說是不會超過1個月的。
對于野生的密西西比麝香龜來說，它會在周圍的溫度低于10度的時候，鉆到河底的淤泥中冬眠。人工飼養的密西西比麝香龜也是同樣如此，在溫度低于10度的時候會冬眠，此時可以準備一些東西墊在密西西比麝香龜身體下，若是沒有專門的墊材，可以在容器中墊一塊布來代替。另外，最好給密西西比麝香龜營造一個潮濕一些的環境，但水不可太深了，讓它們生活在淺水之中，保持水質干凈就行了，水太深的話可能會導致密西西比麝香龜感冒。
