野外的東部錦龜稚龜可能會在巢內越冬。這些一英寸長(2.5cm)的小生命即使被冰凍住也能存活下來。成龜也相當耐寒,有人曾看見它們在冰下游泳。大多數東部錦龜在寒冷的冬季里進行冬眠。它們會在池底的淤泥里挖洞,或是尋找麝鼠的洞穴或其他的藏身之處。在冬眠時,它們對氧氣的需求大為減少。它們可以靠皮膚,咽喉內壁以及肛門處的薄壁氣囊來吸收水中的氧氣,這些就足夠使用了。
由于東部錦龜的分布極為廣泛,在美國冬天最冷和最溫暖的地方都有它們的行蹤。分布最北的亞種會定期冬眠,冬眠的時間也比南方的亞種更長一些。而生活在分布區南端的南部錦龜和西部錦龜,可能是不冬眠的。