沼澤側頸龜是以肉食性為主的雜食性龜類，幾乎所有東西都吃，偏愛活餌和肉類食物，比如昆蟲、水生蝸牛以及魚蝦等，注意要先消毒、洗凈、切碎再投喂。同時，也可以喂食一些龜糧。總而言之，選擇沼澤側頸龜喜歡的食物輪流喂食，保持食物的多樣性和營養的豐富性。
沼澤側頸龜喜歡在水下進食，索食性很強，食量也很大。雨季時以魚類、蝌蚪、青蛙和水生無脊椎動物等水生生物為主要食物，旱季時則捕食鳥類、蜥蜴、蛇和鼠類等陸生生物。沼澤側頸龜生長較緩慢，人工條件下，4~5年可達成年個體規格（背甲長12cm以上）。每年的5~10月是沼澤側頸龜的主要生長期。
沼澤側頸龜的每次投喂時間須基本固定，定時攝食有利于沼澤側頸龜形成條件反射，也便于觀察沼澤側頸龜的吃食情況。投喂量應根據季節、天氣、飼料質量、龜體大小等確定，一般為沼澤側頸龜體重的1~5%。食物以高蛋白配合飼料為主。
