巨蛇頸龜是一種常見的水龜，在養殖它們的時候不能干養，需要采用水養的方式。巨蛇頸龜在不同的生長階段中，對水位的要求是不同的。若是在巨蛇頸龜年齡比較小的時候，它們不喜歡太高的水位，用淺水養比較合適，在深水中養殖不利于巨蛇頸龜的健康。或者也可以在容器中用沙礫著鋪成斜坡，這樣可以讓巨蛇頸龜自由選擇。
巨蛇頸龜也算是一種深水龜。一般來說，在巨蛇頸龜的身體長度長到十幾厘米的時候，就都可以用深水來養了。不過，雖說巨蛇頸龜可以用深水養，但水位也不能太高，高于巨蛇頸龜的背殼一部分是可以的，不可以超過它們背殼3倍高度的位置。因為巨蛇頸龜不能一直待在水中，也需要適當讓巨蛇頸龜出水來曬曬太陽等等，因此若是水太深的話，巨蛇頸龜浮到水面就比較麻煩。
