巨蛇頸龜是肉食動物，主要吃的食物包括蝸牛、水生昆蟲、魚和兩棲類，也吃植物的莖葉。巨蛇頸龜在野生環境下是肉食性動物，但是在人工飼養環境條件下也會吃一些植物性的飼料，所以在飼喂時可以選擇一些龜糧和肉類，再選擇性的加一些蔬菜、水果，同時保證水質的健康就可以了。
巨蛇頸龜可以在陸上及水中生活，采取伏擊或潛行靠近發動突然襲擊的方式捕食，在捕食的時候是靠收縮的頸部肌肉把頭部向前彈射的同時展開大嘴把食物和水一并吞下，巨蛇頸龜的脖子是普通龜的脖子長2倍以上，所以捕食相對來說更容易。此外，巨蛇頸龜會吃掉大量蚊子的幼蟲，因而對人們是非常有用的動物。
